Ligado en sus orígenes a las poblaciones indígenas de la zona -Cahuané-, luego a la conquista española, y más tarde al tendido de las vías del ferrocarril, el pueblo de Capitán Sarmiento fue fundado en 1882.  El afloramiento de la población se remonta, no obstante, a 1884, fecha en que Gerardo Gómez establece un comercio junto a la estación de ferrocarril que unía a San Antonio de Areco con Pergamino.


El nombre dado a la estación, Capitán Sarmiento, se adoptó como homenaje a Domingo Fidel Sarmiento (Dominguito), hijo adoptivo de Domingo Faustino Sarmiento, muerto como Capitán en la batalla de Curupaytí, en 1866, durante la Guerra de la Triple Alianza.

La creación del Partido Capitán Sarmiento se estableció en 1961 con tierras pertenecientes hasta entonces al distrito de Bartolomé Mitre, hoy Arrecifes.


Tras un concurso convocado en 1995 por la Subsecretaría de Cultura bonaerense, para seleccionar la bandera que identificaría a la provincia, y habiendo resultado elegido el diseño de un grupo de cinco chicos sarmientinos, en 1997 el entonces Gobernador Duhalde firmó un decretó por el que declaró a la localidad “Cuna de la bandera bonaerense”.